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本ブログは、The New England Journal of Medicine Permission Departmentより、「The New England Journal of Medicine本誌からの文単位での引用に許諾は不要」との見解をいただいた上で、運用しております。更に、「文章を抜き出してサマリーを書いてよい」との文言もいただいております。

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Dr. Joy

Author:Dr. Joy
ごく普通の町でごく普通に医者をやってます。
ごく普通の患者さんたちを相手にしていて、
診察室に入ってくる人が英語をしゃべったりするのは数年に1度あるかないか。
そんな私に必要な英語力って何?

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これを読んでおけば聞き取れた: N Engl J Med 2010;363:677-678.
videoやaudio summaryの聞き取りをやっていて最近思うことがあります。
それは、「聞き取る耳」以上に「予測変換力」が重要ではないか、ということです。
どういうことかというと、文章を聞く際、次は文脈からしてこうなるはずだ、という先読みする力がポイントなのではないかということです。
弱強勢の"s"や接続詞"that"が落ちてしまうのは、そのあたりの見通す力がまだまだ足りないのではないか、と。
その力を育てるには、「たくさん読む」ことしかない、と思っています。

昨日のaudio summaryについて、掲載スクリプトのあとに掲載されていない部分がありました。NEJM.orgのリニューアルの話です。昨日の記事は耳だけで聞き取ったものですが、下記のEditorialを読んでみたらと「これだ」という文がありました。久々の全文無料閲覧なので、読んでみてくださいね。

The New NEJM.org (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

では早速、読んでみましょう。
気になるところを抜粋で示します。

Each week, half a million readers access the Journal electronically, and our content is now seen online by about four times as many people as those who see the print edition. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

冒頭の文です。「4倍」でbyを使うことをチェック。

Hence, the design and function of NEJM.org have become central to the Journal's future. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

日本語で言えば「コアな部分」というイメージでしょうか。

An introductory video and Web tour on the new site explain the changes. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

例の紹介ビデオのことを指しています。まだの方は是非、視聴してみてくださいね。

NEJM.org now includes improved navigation and organization to make it faster and easier for readers to find the essential information that they want. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

ここを読んで「あれっ?」と思った方、audio summaryを聞き込んでます。昨日の赤字部分の正解はこれでした。
ちなみに、私が聞き落とした部分を下に赤字で出します。
NEJM.org now includes improved navigation and organization to make it faster and easier for readers to find the essential information that they want. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

In the section called My NEJM, users will find new options for tracking CME credits, saving articles, managing a personal account, and setting preferences, such as those for e-mail alerts. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

このMy NEJMはPubMedのMy NCBIに似てますね。自分仕様のデータベースとして使えるというわけです。

Our electronic archive now includes every issue back to the first one, published in 1812. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

これもaudio summaryにありました。Takaさん正解!archiveは単数でincludesにsがありました。
私の聞き落としはこちらでした。
Our electronic archive now includes every issue back to the first one, published in 1812. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

For all the articles in the archive, the PDF files show the original versions as they appeared in print, complete with ads, notices, and various curiosities from earlier eras. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

昔の広告まで閲覧できるというのはおもしろそうですね。医学史とまではいかなくても、医療を取り巻く環境の変遷を見ることができそうです。

We hope that users will find the new NEJM.org useful, attractive, and efficient. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

これもaudio summaryにありました。
聞き落としはこちらです。
We hope that users will find the new NEJM.org useful, attractive, and efficient. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

Continued improvements are planned, and comments and suggestions from users are always welcome at nejmredesign@nejm.org. (N Engl J Med 2010;363:677-678.)

下線部がaudio summaryにありましたね。

いかがでしたか?これを読んでおけばもうちょっとちゃんと聞き取れた(聞き取って訂正できた)かな、と思います。たくさん読んで予測変換力アップをはかります。

NEJMのサイトはThe New England Journal of Medecineで見られます。abstractは無料で閲覧できますから、どうぞ。
抄録の日本語版は南江堂サイトへ。

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Further Reading | 06:24:58 | Trackback(0) | Comments(0)
週イチ統計を読む: N Engl J Med 2010;362:197-205.
The New England Journal of Medicine掲載の論文を題材に、統計の勉強をします。
今回取り上げたのは、先週号のこちら。
クリックすると抄録が開きます。
Treatment with Monoclonal Antibodies against Clostridium difficile Toxins (N Engl J Med 2010;362:197-205.)
残念ながら、全文無料閲覧ではないので、図書館などでごらんください。

では、いつものとおり、参考図書は、臨床医による臨床医のための本当はやさしい臨床統計―一流論文に使われる統計手法はこれだ! (EBMライブラリー)です。
この本に従って、DPESで読んでいきましょう。
(DEPESを忘れちゃいましたって?ではこれを。

「統計の読み解き」方法を確認しましょう(「やさしい臨床統計」より)
1) 研究デザインの確認
2) パワー計算
3) 一次エンドポイントの確認
4) 統計解析のパターン確認

なかなか覚えにくいので、この際、頭文字をつなげて、
Design-Power-Endpoint-Staticsで、DPES(ディーペス)とでもしますか。

と、前々回あたりの「週イチ統計」で勝手に命名しました。)

1)研究デザインの確認

We now report a phase 2 randomized, double-blind, placebo-controlled trial of the efficacy of CDA1 plus CDB1 in preventing the recurrence of C. difficile infection. (N Engl J Med 2010;362:197-205.)

 本文の導入部分に書かれた文です。ランダム化比較試験であるとわかります。

2)パワー計算

The target study enrollment of 200 patients was based on an ability to observe a reduction in recurrence rates from 20% in the placebo group to 6% in the antibody group with a power of 80%. (N Engl J Med 2010;362:197-205.)

 丁寧に記されています。ここではパワーすなわち統計学的検出力を80%としています。

3)一次エンドポイントの確認

The primary end point, which was the recurrence of C. difficile infection, was defined as a new episode of diarrhea associated with a new positive stool toxin test after the resolution of the initial CDI diarrheal episode and after discontinuation of metronidazole or vancomycin. (N Engl J Med 2010;362:197-205.)

 C.difficile感染の再発が一次エンドポイントですが、さらにその定義についても記載されています。

4)統計解析のパターン確認

We analyzed primary and secondary efficacy end points (as prespecified in the statistical-analysis plan) on the intention-to-treat principle and included all patients who underwent randomization (see the Methods section in the Supplementary Appendix).(中略)Nominal variables were compared between the study groups with the use of a two-sided Fisher's exact test with 95% confidence intervals. Continuous variables were compared with the use of a two-sided t-test. Kaplan–Meier plots were used to analyze time-to-event variables, which were compared by means of log-rank tests.

 こちらもまた、きちんと記載されています。

なかなかDPES全てを記載した論文は、実は少ないのですが、今回はきちんとしてました。それだけでも信頼度はアップしますね。

内容まで踏み込みたいところですが、今日はここまでです。
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続)週イチ!統計を読む:N Engl J Med 2009;361:2318-29.
前回の記事は「有意差が出なかったのは何がいけなかったのでしょう?」で終わってしまいました。
今日は、同じ論文を読んで、著者らがどこに問題をみつけたかを探ってみます。

Platelet Inhibition with Cangrelor in Patients Undergoing PCI (N Engl J Med 2009;361:2318-29.)

こちらは全文無料閲覧ではないので、興味のある方は図書館などでご覧ください。

さて、「有意差が出なかった」理由については、DISCUSSIONに書かれています。

On the basis of these observations as well as others that address the pharmacodynamic limitations of clopidogrel, it was unexpected that a cangrelor infusion was not superior to 600 mg of clopidogrel in this trial with the use of the predefined primary end point, especially since significantly higher levels of periprocedural platelet inhibition were achieved with cangrelor. (N Engl J Med 2009;361:2318-29.)
 この前段に、今回の検討の背景となった文献的事実が述べられており、それを踏まえて考えると、今回の結果は著者らにとって想定外であったと書いています。実際、そうなんでしょうね。

These results raise questions about the most appropriate end-point selection and definition as well as the best trial design to test the efficacy and safety of a short-acting antiplatelet agent in patients who have myocardial infarction without ST-segment elevation, when short times from admission to PCI prevent clear delineation between myocardial infarction occurring before and that occurring after randomization. (N Engl J Med 2009;361:2318-29.)
 一次エンドポイントの設定、定義、研究デザインに問題がありそうだ、というわけですね。なるほど、一次エンドポイントで有意差が出なかったので、原因をそこにもってくるという理屈ですね。

As an exploratory (post hoc) analysis, this observation should be viewed as hypothesis-generating until it is addressed in an adequately powered randomized clinical trial. (N Engl J Med 2009;361:2318-29.)

an exploratory (post hoc) analysis 事後分析
 前文のthe composite end point of death from any cause, Q-wave myocardial infarction, or ischemia-driven revascularization (N Engl J Med 2009;361:2318-29.)のほうが、目があったかなあ、というところでしょうか。

このあと、更に「こうやったらよかった」「次はこうしたらどうか」というような考察が続きます。
DISCUSSIONを読む限りでは、一次エンドポイントの設定に難があったというところに落ち着くようです。当たり前、といえば当たり前ですが。

今日はここまで。
NEJMのサイトはThe New England Journal of Medecineで見られます。abstractは無料で閲覧できますから、どうぞ。
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週イチ!統計を読む: N Engl J Med 2009;361:2209-20.
The New England Journal of Medicine Dec.3号掲載の論文から毎週ひとつピックアップして、
統計を勉強しています。
今回取り上げるのはこちら。全文、無料閲覧可なのでどうぞ。
Vaccination with ALVAC and AIDSVAX to Prevent HIV-1 Infection in Thailand (N Engl J Med 2009;361:2209-20.)
参考図書は、臨床医による臨床医のための本当はやさしい臨床統計―一流論文に使われる統計手法はこれだ! (EBMライブラリー)です。(以下、「やさしい臨床統計」と略します。)

「統計の読み解き」方法を確認しましょう(「やさしい臨床統計」より)
1) 研究デザインの確認
2) パワー計算
3) 一次エンドポイントの確認
4) 統計解析のパターン確認

なかなか覚えにくいので、この際、頭文字をつなげて、
Design-Power-Endpoint-Staticsで、DPES(ディーペス)とでもしますか。

では、これに沿って読んでいきましょう。

1) 研究デザインの確認
これはabstractに書かれています。
In a community-based, randomized, multicenter, double-blind, placebo-controlled efficacy trial (N Engl J Med 2009;361:2209-20.)
ランダム化比較試験であることがわかります。

2) パワー計算
これは書かれてないようです。

3) 一次エンドポイントの確認
本文のMETHODSにあるSTUDY DESIGN AND POPULATIONに記載がありました。
The study was designed to evaluate two coprimary end points: the prevention of HIV-1 infection and the effect of vaccination on the early viral load after infection.(N Engl J Med 2009;361:2209-20.)
一次エンドポイントは2つあって、HIV-1感染防止と感染早期HIV-1ウイルス負荷へのワクチン効果です。

4)解析統計パターンの確認
大抵はMETHODSのSTATISTICAL ANALYSISにぴしっと書いてあるのですが、この論文ではinntention-to-treat、per-protocolの説明に割かれています。

...と本誌掲載の論文ではこうなのですが、実は最近のNEJMでは細かいところはウェブに譲るという方針から、Supplementary Appendixに書かれています。pdfで掲載となっていますので、自分でダウンロードして読むことが必要です。限りある誌面で仕方ないということでしょうが、WEB閲覧環境になければお手上げなのでそのあたり、やや疑問が残ります。

ともあれ、PDFを開いてみると、ありました。

2) Powerの確認
Sample size was designed to detect a vaccine-associated 25% decrease in the hazard rate during
the vaccination period and 50% in the subsequent 3 years. A placebo arm infection rate of
0.34%/ year was assumed using the lower bound of the 95% confidence interval from a field
study in Chon Buri of 20-30 year olds (M. Benenson, unpublished data). With up to 5% losses to
follow-up per 6 month period, a total sample of 16,000 subjects provided 90% power using a two
sided 5% Type 1 error rate, to detect vaccine efficacy (VE) >0.
(http://content.nejm.org/cgi/data/NEJMoa0908492/DC1/1)
「やさしい臨床統計」p.27に従うと、
1. 予測されるコントロール群のイベント発生率= 0.34%/year
2. 期待する最低限の相対リスク減少率=ワクチン接種期間で25%、その後3年で50%
3. 許容できるαエラー= 5%
4. 期待する統計学的パワー= 90%
となります。そこから、16000人のエントリーが必要とはじき出したことになります。

4)解析統計パターン
Appendixにおいても、どうもはっきりしません。RESULTSには適宜書いてあるのですが...

今日はここまで。
本日の収穫:Appencixも要チェック!
となるとしかし、図書館で雑誌を見ただけでは終わらないってことになりますねえ。

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週イチ!統計を読む: N Engl J Med 2009;361:2113-22.
さあ、今週号でも統計の勉強をしてみましょう。
今回取り上げる論文は、こちら。
Extended-Release Niacin or Ezetimibe and Carotid Intima–Media Thickness (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
残念ながら、全文無料閲覧ではないので、抄録にリンクしています。
全文を読みたい方は、定期購読するか(笑)、図書館などで閲覧してくださいね。
統計の勉強にお世話になっているのは、臨床医による臨床医のための本当はやさしい臨床統計―一流論文に使われる統計手法はこれだ! (EBMライブラリー)です。
この本の「統計を見る」手順は次の通り。
1) 研究デザインの確認
2) パワー計算
3) 一次エンドポイントの確認
4) 統計解析のパターン確認


では、早速、統計部分に気をつけて読んでみます。

1) 研究デザインの確認
これは抄録部分にも書いてあります。
The patients were randomly assigned to receive extended-release niacin (target dose, 2000 mg per day) or ezetimibe (10 mg per day). (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
本文では、METHODSの最初にあるSTUDY POPULATIONに次のように書かれています。
This prospective, randomized, parallel-group, open-label study involving the blinded evaluation of end points was conducted at two centers: Walter Reed Army Medical Center, a university-affiliated, suburban, tertiary care military medical center in Washington, DC, and the Washington Adventist Hospital, a private tertiary care hospital located in Takoma Park, Maryland. (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
ランダム化比較試験であることがわかります。

2) パワー計算
パワー計算というのは「必要なサンプル数を求める計算」と言えます。
これは次のような要素で決まります。
1. アウトカムの種類:二者択一か、連続量か
2. 許容できるαエラーとβエラーの範囲
3. 「臨床的に意義がある」と考える差の大きさ
4. アウトカム測定上のばらつき(分散、標準偏差)ー連続量のみ
5. 実験群と対照群のnの比:実験群1に対して対照群1が最も効率的

(臨床医による臨床医のための本当はやさしい臨床統計. p.143-144.)
これに沿って、論文を見ます。
STATISTICAL ANALYSISに次のような文を発見。
On the basis of a minimum sample size of 150 per group, the trial had a statistical power of 80% to detect a difference between the two groups in the change in carotid intima–media thickness of 0.02±0.06 mm per year, with an alpha level of 0.05. (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
「統計学的検出力stastiscal power」は80%と明示されていますね。
もうちょっと読み込んでみます。
1.は一次エンドポイントで触れるのでここでは置いておきます。
2.は、αエラーは0.05、βエラーは、「1-β=power」なので、βは0.2となります。
3.は、2群間の差が年0.02±0.06 mmと書かれています。
4.については、ここには書かれていません。
5.についても明示されていません。最初の"On the basis of a minimum sample size of 150 per group"あたりが関係してるかな、と思いますが。

3)一次エンドポイントの確認
これはEND POINTSとSTASTICAL ANALYSISの両方に書かれています。
まずEND POINTSには、
The predefined primary end point was the between-group difference in the change in mean carotid intima–media thickness after 14 months. (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
14か月後の頸動脈内膜中膜厚の群間差が一次エンドポイントとあります。
STATISTICAL ANALYSISには、
The primary end point was the change in mean common carotid intima–media thickness from baseline and 14 months, compared between the niacin group and the ezetimibe group. (N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
とあって、こちらの方の記載がやや詳しいですね。

4)統計パターン
これはSTATISTICAL ANALYLSISにありました。
Between-group data for continuous variables were assessed with the use of a t-test for independent variables or a Mann–Whitney U test, as appropriate.(N Engl J Med 2009;361:2113-22.)
t検定あるいはMann–Whitney U検定を行ったとあります。2群の連続量の比較だからでしょうか。

今日はここまで。もう一歩踏み込んで読みたいところですが...時間が~。

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